Kepolisian di lingkungan Pemerintahan Indonesia Timur, secara administratif berada di bawah Kementerian Dalam Negeri Indonesia Timur dibantu oleh seorang Kepala Biro Kepolisian Indonesia Timur. Wilayah Nusa Tenggara pada saat itu dibagi menjadi 2 wilayah kepolisian yaitu:
A. Polres Bali dan Lombok berkedudukan di Denpasar yang membawahi polisi di setiap Swapraja di Bali dan Lombok.
B. Polres Timur dan Kepulauan yang berkedudukan di Kupang yang membawahi kepolisian di setiap Swapraja di wilayah tersebut.

​

Kemudian organisasi kepolisian yang berada di wilayah Nusa Tenggara berubah menjadi 5 (lima) wilayah yang masing-masing dipimpin oleh seorang Kepala Kepolisian Daerah (KPDA). Kelima area tersebut adalah:
A. Kepolisian Daerah Bali atau Kepolisian Daerah Bali berkedudukan di Denpasar.
B. Kepolisian Daerah Lombok atau Kepolisian Daerah Lombok berkedudukan di Ampenan.
C. Kepolisian Daerah Sumbawa/Sumba atau Kepolisian Daerah Sumbawa/Sumba berkedudukan di Bima.
D. Kepolisian Daerah Flores atau Kepolisian Daerah Flores berkedudukan di Ende.
e. Kepolisian Daerah Timor yang berkedudukan di Kupang. 

Pada tanggal 17 Agustus 1950 lahirlah Negara Republik Indonesia, disusul dengan lahirnya Biro Kepolisian Negara pada tanggal 19 Agustus 1950, dimana masing-masing kepala kepolisian daerah bersentuhan langsung dengan Kepolisian Negara di Jakarta.